Rica em petróleo, Macaé também tem boa parte de sua economia no setor rural. A cidade tem o segundo maior rebanho bovino do estado – cerca de 80 mil cabeças, das quais 30% são da pecuária de leite, responsáveis pela produção de 30 mil litros de leite por dia. Além dessas, outras atividades que estão crescendo no município são a criação de cavalos – que gera 600 empregos diretos - floricultura, a psicultura e a fruticultura irrigada.
Pesquisa feita pela Fundação de Agropecuária, Abastecimento e Pesca de Macaé (Agrape) aponta que Macaé tem 880 propriedades rurais - 60% formadas por pequenos produtores, 30% por médios produtores e dez por cento por grandes produtores. Já foi realizado um assentamento rural pelo Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária, beneficiando diretamente 54 famílias.
As principais atividades agrícolas no município de Macaé são aipim, inhame, feijão, milho, banana e coco. Das 80 mil cabeças de gado, 70% são de corte e 30% de leite. A produção da bacia leiteira é de 30.000 litros de leite por dia, dos quais 18 mil são da Cooperativa de Macaé.
O setor de agroindústria tem a cana-de-açúcar como matéria-prima, na Bicuda Pequena; banana passa e chips, na Bicuda Grande; produtos de origem animal, na Virgem Santa e aipim, na Serra da Cruz.
Já no setor de agronegócios, o município tem oferecido cerca de 600 empregos diretos e 150 indiretos no que se refere à criação do cavalo Mangalarga Marchador. Também está crescendo no município a criação de mini-animais (mini-vaca, mini-cavalo, mini-burro, entre outros). Existe uma tendência para o aumento de criação de ovinos e caprinos, principalmente devido ao seu valor comercial (R$ 4,00 o quilo do animal vivo), além da possibilidade de consorciação com outras criações. São oito criadores de caprinos e 12 de ovinos em Macaé.
Além disso, o município tem um Conselho de Desenvolvimento Rural e Política Agrícola (COMDERPA), tendo criado o Fundo Municipal de Agricultura e Pesca. Macaé tem o potencial de desenvolver floricultura, piscicultura e fruticultura irrigada, devido às boas condições climáticas, topográficas e hídricas. São 300 pequenos produtores atendidos pela patrulha mecanizada, cuja formação é de três tratores e uma retroescavadeira. A Agrape recebeu recursos do Programa Nacional de Agricultura Familiar (Pronaf).